Toute l’organisation du Fonds français pour l’alimentation et la santé repose sur une stricte parité entre ses membres issus du secteur économique et du secteur scientifique. Cette organisation bipartite inédite est non seulement gage d’indépendance scientifique mais constitue aussi une véritable richesse pour le Fonds.
Dans son organisation, le Fonds est doté d’un Conseil d’administration, d’un Conseil scientifique et de trois pôles opérationnels. Les pôles opérationnels peuvent constituer des groupes de travail temporaires ou permanents. Une direction générale permet d’assurer le fonctionnement quotidien du Fonds.
Le Fonds peut créer des fonds de dotation individualisés, dotés de la personnalité morale, et placés sous son contrôle. Ils ont un domaine de compétence plus spécifique que celui du fonds, disposent de leurs propres instances délibératives et sont dirigés par le directeur général du Fonds.

